يتولى قسم بوابات المراقبة الاشعاعية الحدودية مهمة مراقبة الصادرات القاصدة اراضي المملكة الاردنية الهاشمية وذلك لردع الاتجار غير المشروع بالمواد النووية واية مواد اشعاعية اخرى لغايات حيازتها او نقلها او استخدامها او  التخلص منها بالطرق الغير مشروعة بغض النظر عن طبيعة هذه المواد ومنشاها، وذلك عن طريق اجهزة خاصة تستخدم للكشف والتحقق والتعرف على هذة المواد ومدى خطورتها والموجودة في معظم المعابر الرئيسية للمملكة.

اما بالنسبة لمحطات الرصد الاشعاعي البيئي والانذار المبكر فتحظى بمراقبة الهواء المحيط المحمل بذرات الغبار لغايات التاكد من خلوه من اية ملوثات اشعاعية، حيث يوجد ثلاثة محطات رئيسية مثبتة في كل من الطفيلة/ القادسية وجرش/ قفقفا ورويشد/ الكرامة بالاضافة الى عدة محطات فرعية في معضم ارجاء المملكة، وكل هذة المحطات متصلة بغرفة مراقبة مركزية في موقع الهيئة تتم مراقبتها ومتابعتها بشكل دائم.

بما ان طبيعة عمل هذة المديرية تقتضي التعامل المباشر مع معضم الجهات المدنية والحكومية في المراكز الحدودية ، فقد تم انشاء قسم المتابعات والعلاقات لغايات تسهيل وتسريع الاجراءات المتبعة والاستجابة لحالات الطوارى.

ان الحاجة الماسة لاستخدام تقنيات الاتصال وتبادل المعلومات المتطورة تقودنا لاستخدام احدث هذه الوسائل لغايات نقل وتبادل  المعلومات من مراكزنا الموزعة في معظم ارجاء المملكة اى مقر الهيئة الرئيسي، لهذا الغرض تم استحداث قسم الاتصالات وتكنلوجيا المعلومات.